Исследование микробиоты кишечника методом посева
Добавил пользователь Алексей Ф. Обновлено: 19.09.2024
В 2020 году произошло много событий. В том числе приобрела популярность процедура пересадки здоровой микробиоты желудочно-кишечного тракты пациентам с острыми заболеваниями ЖКТ. Набирать обороты пересадка кала начала еще в 2019, но в 2020 это стало своего рода новым веянием.
В ходе процедуры фекалии здорового донора ректально и перорально колоноскопом в специальных капсулах или в виде фильтрата вводятся в организм больного. Как бы ни комична была ситуация, но по заявлению врачей это работает. Некоторым пациентам удалось таким образом излечить ишемический язвенный колит, синдром раздраженного кишечника. Также процедура Трансплантация фекальной микробиоты (ТФМ) способна лечить:
- Эндокринные болезни.
- Неврологические.
- Заболевания печени.
ВЫ НЕ ХОТИТЕ ЕХАТЬ В ОФИС? ЭТО ВОЗМОЖНО!
ВЫЗОВИТЕ КУРЬЕРА, КОТОРЫЙ ЗАБЕРЕТ ВАШИ ОБРАЗЦЫ ДНК.
Естественно первым делом тест на микробиоту нужно пройти людям с заболеваниями желудочно-кишечного тракта. Также анализ будет полезен:
- Детям в возрасте до 5-7 лет.
- Людям с рисками наследственных форм колоректального рака и рака желудка.
- При частых дискомфортах после принятия пищит.
Из пищи мы получаем все необходимые для жизни питательные вещества. Хотя процесс ферментации начинается еще в ротовой полости, заканчивают его всегда бактерии микробиоты.
Для того, чтобы понять состояние своего микробиома кишечника выполняется специальный днк тест. В качестве биоматериала используется кал или мазок специальным зондом из ануса.
Генетический анализ позволяет исследовать геном микроорганизмов, составляющих микробиоты. В результате будет подробный отчет в который входит:
Расскажем, покажем, научим.
Начнем с того, что анализ по Осипову – это таблица из 58 строчек, каждая из которых посвящена определенному виду бактерий, вирусов или грибов.
С 1 по 29 строчку показаны резидентные микроорганизмы. Это постоянные жители нашего организма. Обратите внимание на столбец Проба. Красным выделены ячейки, в которых микроорганизмы превышают норму, а синим – те, которые находятся в дефиците.
С 30 по 40 пункт – транзиторные микроорганизмы, неспособные к длительному существованию.
41 – 44 – микроскопические грибы, вызывающие различные заболевания.
45 – 47 – вирусы.
48 – 58 – опасные патогенные микроорганизмы.
Красным шрифтом выделены резидентные микроорганизмы, синим – транзиторные, черным – в норме не встречающиеся.
У пациентки выявлено превышение таких микроорганизмов, как Clostridium coccoides , Clostridium propionieum , Clostridium tetani , Lactococcus spp , Propionibacterium acnes и др. Эти микроорганизмы не представляют угрозы, когда нормобиота пациента находится в достатке.
К бактериям нормобиоты относятся : Bifidobacterium spp, Eubacterium spp, Lactobacillus spp, Propionibacterium freudenreichii. В данном случае мы видим значительные отклонения средних показателей.
В данной таблице показано общее соотношение всех микроорганизмов. Особое внимание стоит уделить общей бактериальной нагрузке (ОБН).
Как правильно подготовиться и сдать анализ , мы написали тут.
А обратившись к нашему специалисту за консультацией, вы также получаете полную интерпретацию анализа, направление на необходимые исследования, подбор базовых витаминов, форм, дозировок и длительности их приема.
Также наш специалист поможет вам расшифровать анализ по Осипову, сданный в другой лаборатории.
Оформите заказ прямо сейчас и получите скидку по промокоду BLOG 5 .
Микробиота кишечника: что это такое и в чём её роль в организме человека
В нашем организме около 30 триллионов клеток и почти столько же бактерий.
Последних особенно много в пищеварительной системе — это самое благоприятное место для микроорганизмов. Но не все бактерии вредны: микробиота , то есть уникальная совокупность микроорганизмов, необходима для здоровой и полноценной жизни . Без нее мы страдали бы от инфекций, которых обычно даже не замечаем, не могли бы питаться некоторыми продуктами, а наша иммунная система работала бы гораздо хуже.
Что мы знаем об этом удивительном мире микроорганизмов внутри нас ? Из чего он состоит, по каким правилам живет и как можно улучшить его работу? Сейчас разберемся.
Что такое микробиота?
Микробиота — это уникальная совокупность микроорганизмов , которая есть у каждого живого существа.
По нашему телу микроорганизмы распределены неравномерно, и в местах обитания бактерий – нишах – формируется свое особенное микробное сообщество: на коже, в полости рта, дыхательных путях и кишечнике.
***Разная микробиота: собственные наборы бактерий для кожи, полости рта, лёгких, влагалища, кишечника.
Кишечник — это самое замечательное место для развития микробиома . В нем тепло, регулярно появляется пища, а еще на него не влияют климат и многие другие факторы внешней среды. Поэтому нет ничего удивительного в том, что именно этот орган стал местом обитания сотен видов разных микроорганизмов и домом для самого обширного микробиома в нашем теле.
Человек не приходит в этот мир с уже сформировавшейся микробиотой — она развивается и до, и после рождения.
Первые колонизаторы проникают из организма матери и заселяют организм младенца еще до его появления на свет .
Примерно к трем годам у ребенка полностью формируется микробиота [2]. В течение всей жизни она будет меняться незначительно [3], а в пожилом возрасте ее состав станет менее разнообразным из-за процессов старения и влияния привычной пищи [4].
Микробиом, микробиота, микрофлора — в чем разница?
Микробиота — это совокупность микроорганизмов определенной экосистемы (наше тело — тоже своего рода макроэкосистема для различных микроорганизмов). Ее составляют не только бактерии — она включает еще и дрожжи, вирусы, археи и другие виды микроорганизмов.
Микробиом — это совокупность генов микробиоты, ее коллективный геном.
Кто населяет наш кишечник?
Кишечную микробиоту составляют триллионы микроорганизмов [6], их можно разделить на три типа .
Условно-патогенные (оппортунистические) бактерии для здорового человека обычно безвредны. Но они резко размножаются при негативном воздействии на организм. Если человек получил травму, произошел сбой в иммунной системе или нарушился баланс в составе микробиоты, нейтральные микробы могут стать патогенными. Например, из-за стресса на фоне приема антибиотиков растет число оппортунистических бактерий [8,9].
Патогенные бактерии могут стать причиной болезни , но только если их количество слишком велико или микроб попал в организм с ослабленной иммунной защитой. Так, их попадание внутрь может привести к быстрому развитию инфекционного процесса. Поэтому их быстрое обнаружение – залог отсутствия болезни [7].
Функции кишечной микробиоты
Работа, которую выполняют бактерии кишечника, трудна и незаметна — по крайней мере, на первый взгляд. Однако именно микробиота нужна для выполнения нескольких важных функций организма [10]:
• Пищеварение . Бактерии расщепляют пищевые волокна до таких соединений, которые могут всасываться в кровь. Некоторые сложные углеводы, например, целлюлозу, человек не может переварить, но благодаря микробам мы получаем энергию из клетчатки растений.
• Синтез витаминов (К, группы В и других), которые всасываются в кишечнике вместе с пищей.
Этим перечнем функции микробиоты не исчерпываются. Исследования показывают [11], что бактерии в ее составе влияют на настроение, на работу нейромедиаторов и на уровень главного гормона стресса — кортизола.
Все эти функции — пищеварение, помощь иммунной системе, синтез витаминов — выполняют далеко не все бактерии. Микробиота — это целая экосистема, где каждая часть микроорганизмов отвечает за свою задачу. Фактически, это орган в органе со своими особенностями и функциями. Мы получаем его при рождении и растем вместе с ним, формируя свой собственный, уникальный профиль микробиома.
Что может влиять на микробиоту
Микробиота участвует во многих процессах, происходящих в организме, но при этом сама очень чувствительна . На ее состав влияют болезни, лекарства, особенно антибиотики, стресс, диета и т.д. Часто из-за неблагоприятных воздействий погибает целый вид бактерий, а иногда — даже несколько. Если работу одного исчезнувшего вида микробиота сможет хотя бы частично компенсировать, то при гибели нескольких видов возникает дисбаланс — дисбиоз.
Почему не дисбактериоз? Этот термин отсылает нас к нарушению баланса исключительно среди бактерий. Но ведь в состав микробиоты входят также вирусы, грибы и другие простейшие. Поэтому правильнее говорить о дисбиозе.
Что же влияет на микробиоту?
1. Рацион . Если в рационе много животных жиров и белков, в организме растет число бактерий Bacteroides. И наоборот, если человек чаще ест растительные продукты, в кишечнике преобладают бактерии Prevotella [12].
2. Состояние здоровья . Видовой баланс микробиоты ЖКТ изменяется из-за самых разных проблем со здоровьем: от ожирения [14] до гастрита, заболеваний кишечника [15] и даже болезней, не связанных с пищеварением (атеросклероза [16], астмы и аллергии) [17].
3. Лекарства . Антибактериальные препараты действуют неизбирательно и влияют не только на вредные бактерии, но и на всю кишечную экосистему. Появляются устойчивые к антибиотикам бактерии, которые начинают размножаться — потому что находятся в комфортных для себя условиях. Когда эти микроорганизмы начинают доминировать, организм теряет восприимчивость к антибиотикам [18].
4. География . У микробиома есть и национальные особенности — например, число бифидобактерий у итальянцев в 2-3 раза выше, чем у жителей других стран [13]
5. Генетика . Некоторые характеристики микробиома можно унаследовать — например, если у человека есть лактазная недостаточность, он потребляет в пищу меньше молочных продуктов. В таком случае в микробиоме будет значительно меньше лактобактерий – а значит, меньше их будет и в организме у потомков. [19]
Как улучшить микробиом кишечника
Самый простой и доступный способ заботы о собственном микробиоме — это здоровый образ жизни . Пить достаточное количество воды, хорошо спать, много двигаться, питаться разнообразно и умеренно, избегать стресса — все эти рекомендации одинаково полезны как для общего самочувствия, так и для поддержания благоприятного состояния микробиоты.
Если дисбиоз уже развился — например, из-за приема антибиотиков, можно помочь организму быстрее восстановить баланс сил с помощью пре- и пробиотиков .
Пребиотики — вещества, которые стимулируют рост полезных микроорганизмов. Если кратко, это еда для нужных нам бактерий . Источником этих полезных компонентов могут продукты растительного происхождения и обогащенные йогурты, а также БАДы. Большое число пребиотиков содержится в орехах, семенах, фруктах и цельнозерновых продуктах.
Пробиотики — культуры полезных микроорганизмов. Другими словами, это конкретные полезные бактерии, которые можно добавить в свой рацион . Они входят в состав различных кисломолочных продуктов с бифидо- и лактобактериями и выпускаются в виде БАДов. Исследования показывают, что лактоза (сахар в молочных продуктах) повышает выживаемость бактерий в ЖКТ, поэтому йогурты и кефиры с достаточным количеством микроорганизмов — это хорошие источники пробиотиков.
Вопросы и ответы о микробиоте
Различается ли микробиота толстого и тонкого кишечника?
Да, различается — и по составу (количественному и качественному), и по функциям. Микробиота тонкого кишечника отвечает за защиту слизистой оболочки, принимает активное участие в усвоении питательных веществ, участвует в иммунной защите нашего организма.
Микробиом толстого кишечника — это настоящий центральный реактор всего ЖКТ. От него зависит наше самочувствие. К тому же, в толстом кишечнике микробиоты в разы больше, чем в тонком. Поэтому мы чаще говорим о микробиоте толстого кишечника.
Как узнать состояние своей микробиоты?
Есть несколько способов установить состав бактерий в организме. Чаще всего используется генетический тест, реже — бактериальный посев . При генетическом исследовании из биоматериала в лаборатории выделяют ДНК всех видов бактерий и оценивают соотношение их численности.
Если исследование нужно для лечения, назначить его и интерпретировать полученные результаты должен только лечащий врач.
Связаны ли микробиоты разных органов?
Микробиоты рта, кожи, кишечника и даже урогенитального тракта — это разные наборы микроорганизмов , и, несмотря на связь органов, они не контактируют между собой.
Тем не менее, микробиоты могут влиять друг на друга. Например, продолжительный прием определенных лекарств может привести к тому, что микробы желудка будут попадать в кишечник и там размножаться, приводя к дисбиозу.
Что такое "пересадка микробиоты"?
Это еще один способ восстановить баланс микроорганизмов, когда бактерии доставляются не стандартным способом, через весь ЖКТ, а сразу в нужную часть кишечника. Так микробы оказываются на нужном месте быстрее, но пересадка весьма трудоемка, и используют ее редко, только при очень тяжелых заболеваниях. Чаще всего достаточно классических методов лечения.
ГАЗОВАЯ ХРОМАТО-МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЯ МИКРОБИОМА (Г ХМС М) – это метод детектирования микрофлоры по видоспецифическим высшим жирным кислотам клеточной стенки микроорганизмов.
Микробиоценоз человека
Количество бактерий, населяющих организм человека, имеет массу 2,5-3 кг, и во много раз превышает число собственных клеток хозяина. Заселение бактериями различных областей тела начинается в процессе рождения человека и продолжается всю жизнь.
В микробиоценозе различают:
- Резидентную (постоянную) флору, которая представлена относительно стабильным составом микроорганизмов.
- Транзиторную (временную) флору, которая присутствует в течение нескольких часов, дней или недель. Транзиторная микрофлора зависит не только от поступления из окружающей среды, но и от состояния иммунитета хозяина и составом резидентной микрофлоры.
На сегодняшний день существует множество методов диагностики микроорганизмов, но не один из них не позволяет определить микробиоценоз в совокупности, кроме метода Г ХМС М.
Данное исследование позволяет определить более 50 видов бактерий, 3 вида грибка и 3 вида вирусов из группы герпесов, а также выделить доминантные виды микроорганизмов в количественном эквиваленте до и после лечения, тем самым отследить эффективность проводимой терапии. Для ХМС нет ограничений по локализации забора биоматериала для определения микрофлоры, это дает возможность применять данную диагностику во всех сферах медицины.
Общая информация о методе
Разработка метода принадлежит группе Российских ученых под руководством доктора биологических наук, профессора микробиологии Осипова Георгия Андреевича. В 1991 году метод внедрен для научных исследований в медицине, экологии и биотехнологии. Метод подтвержден и обоснован в 14 кандидатских, докторских диссертациях и десятках публикаций в научной периодике, в том числе в иностранных реферируемых журналах. В данных исследованиях получена информация о действующих в воспалительных процессах и при дисбиозах бактериях, особенно из числа анаэробов, некультивируемых в клинических лабораториях аэробов, а также актинобактерий, дрожжей, микроскопических грибов и вирусов.
Сегодня метод Г ХМС М прекрасно зарекомендовал себя в практическом здравоохранении. Им успешно пользуются гинекологи, репродуктологи, урологи, гастроэнтерологи, педиатры, хирурги, как альтернативным, так и при совместном применении с традиционными методами обследования.
Преимущества метода Газовой хромато-масс-спектрометрии микробиома:
- Газовая хроматография масс-спектрометрия микробиома является высокочувствительным и достоверным методом обследования;
- Одномоментно в пробе оцениваются более 50 доминантных родов и видов микроорганизмов - потенциальных участников воспалительных процессов.
- В отличие от традиционно применяемых методов диагностики - культуральных, иммуно-серологических, молекулярно-биологических, Г ХМС М указывает целый спектр микробов, которые традиционно не учитываются, в результате чего пациент остается недообследованным со всеми вытекающими последствиями.
- Уникальной особенностью исследований методом Г ХМС М является способность выявлять возбудителей заболеваний, находящихся в "спящем" состоянии, когда микроколонии окутаны защитной полисахаридной капсулой (биопленками).
- Методика универсальна. Применяется для исследования микробиоценозов любых органов и локализаций.
Основные характеристики метода
- Выделение микроорганизмов и их количества непосредственно в клиническом материале;
- Одновременное определение 57 микроорганизмов в одной пробе;
- Универсальность в отношении разных групп микроорганизмов: бактерии, грибы, вирусы;
- Чувствительность 10*3-10*4 клеток в пробе;
- Селективность – до вида;
- Использование любого биоматериала.
Метод прошел многолетнюю апробацию и эффективно используется во многих медицинских учреждениях:
МНИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского, Москва
Институт медико-биологических проблем РАН, Москва
Лечебно-реабилитационный центр Росздрава, Москва
Всероссийский центр экстренной и радиационной медицины им. А.М. Никифорова МЧС России, С-Петербург
Лаборатория коллективного пользования СФУ, Красноярск
ЦНИЛ Красноярского государственного медицинского института, Красноярск
Байкальский институт природопользования СО РАН, Улан-Удэ
Международный аналитический центр ИОХ РАН, Москва
Городская клиническая больница № 2, Владивосток
НИИ скорой помощи имени Н.В. Склифосовского, Москва
Лаборатория микробной хроматографии, Санкт-Петербург
Нижневартовский ПНД, Нижневартовск
НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи, Москва
Челябинский государственный университет, Челябинск
Институт аналитической токсикологии, Москва
Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт, Ростов-на-Дону
Читайте также: